Si Constantino na Dakila sa simula ng ika-4 na siglo ay nagutos na magtayo ng isang templo sa ibabaw ng libingan ng Apostol Pedro. Ang pagnanasang ito ng unang Roman Christian emperor ay ipinaliwanag ng katotohanan na ang libingan ng ipinako sa krus na si apostol Pedro ay palaging iginagalang ng mga tagasunod ni Cristo. Ang konstruksyon ay nagpatuloy ng ilang dekada sa ilalim ng pangangasiwa ni Pope Sylvester I, at nakumpleto noong 349. Ang templo ay pinangalanang Constantine Basilica - bilang parangal sa emperor na pinasimulan ang pagtatayo.
Noong 846, ang templo ay ninakawan ng mga Arabong pirata. Ang pangyayaring ito ay nag-udyok kay Papa Leo IV na magtayo ng isang nagtatanggol na pader na pumapalibot sa basilica at mga katabing gusali. Ang ideyang ito ay kalaunan ay pinagtibay para sa Vatican, ang estado ng papa na estado.
Sa pagsisimula ng ika-16 na siglo, ang basilica ay napaka-sira na, at napagpasyahan na ang pagpapanumbalik nito ay masyadong magastos at hindi nabigyang katarungan. Sa kabila ng hindi kasiyahan ng mga taong bayan, iniutos ni Papa Julius II na wasakin ang basilica at isang bagong simbahan na itinayo kapalit nito. Ang may-akda ng proyekto ay si Donato Bramante. Ang bagong katedral ay itinayo nang higit sa isang daang siglo, at maraming magagaling na panginoon ang namamahala sa pagtatayo, bukod dito maaaring makilala sina Raphael at Michelangelo.
Sa simula ng ika-17 siglo, ang konstruksyon ay isinasagawa sa ilalim ng pangangasiwa ng arkitekto na si Carlo Maderno, na, sa pahintulot ni Paul V, ay gumawa ng mga pangunahing pagbabago sa istraktura ng templo, na pinalitan ang hugis ng gusali mula sa isang Greek cross. sa isang Latin. Ang paglipat na ito ay tumaas ang kakayahan ng Basilica ni San Pedro.
Ang pangunahing dambana ay matatagpuan sa itaas ng libingan ng apostol, na matatagpuan sa gitna ng templo. Matatagpuan ito sa ilalim ng isang simboryo na idinisenyo ni Michelangelo. Sa likuran mo makikita ang isang trono na gawa sa garing at kahoy. Pinaniniwalaang si San Pedro ay nakaupo sa trono na ito, bilang Papa ng Roma. Ang katedral ay ginawa sa istilong Baroque, ang may-akda ng karamihan sa mga detalye ay si Lorenzo Bernini.
Ang mga papa ay inilibing sa piitan ng katedral. Ang huling paglilibing ay naganap noong 2005, nang namatay si John Paul II. Sa kabuuan, 148 na mga papa ang natagpuan ang kanilang huling kanlungan sa St. Peter's Basilica.
